Akademicka Orkiestra Barokowa powstała w 2003 roku, kiedy swoją działalność rozpoczęła Międzywydziałowa Pracownia Muzyki Dawnej. Orkiestra działa obecnie przy Katedrze Organów, Klawesynu i Muzyki Dawnej umożliwiając studentom zespołowe i solowe koncertowanie. Kierownikami zespołów byli: ad. kw. I st. Andrzej Kosendiak (2003-2005), mgr Zbigniew Pilch (2005-2007), mgr Jarosław Thiel (2007-2013). Od 2013 roku orkiestrę prowadzi mgr Bartosz Kokosza.
 

W skład orkiestry wchodzą studenci poszczególnych klas Katedry Organów, Klawesynu i Muzyki Dawnej. Zespół zaprasza także do współpracy młodych muzyków innych specjalności – studentów zainteresowanych wiedzą i doświadczeniem z zakresu historycznych praktyk wykonawczych. W programach koncertów odnajdujemy zarówno kompozycje wielkich mistrzów muzyki dawnej, jak i mniej znanych, a niekiedy zapomnianych kompozytorów XVII i XVIII wieku.

Wśród najważniejszych koncertów w historii Akademickiej Orkiestry Barokowej należy wymienić występy podczas: XIII Festiwalu Maj z Muzyką Dawną (2004); 40 Międzynarodowego Festiwalu Wratislavia Cantans (2005); Dni Muzyki Klawesynowej (2006). W listopadzie 2014 r. zespół uczestniczył w pionierskim na skalę ogólnopolską projekcie, który polegał na połączeniu Orkiestr Barokowych Akademii Muzycznych z Poznania, Łodzi i Wrocławia, tworząc w ten sposób Międzyuczelnianą Orkiestrę Barokową.